Seine Bilder beinhalten religiöse Themen, Geschichtsstücken und Genre-Szenen. Er war ein Hauptmitglied der Schule von Utrecht. Nach dem Studium der Malerei in Utrecht mit Paulus Moreelse, einem Porträtmaler und Geschichtsmaler, reiste er 1612 nach Rom, wo sein Stil stark unter Einfluss der Arbeit des italienischen Malers Caravaggio geriet, dessen Unähnlichkeiten zwischen dem Licht und Dunkel er besonders faszinierend fand.
Seine wichtigste italienische Arbeit ist die Dekoration einer Kapelle in der Kirche von San Pietro in Montorio, Rom (1615-20). Er führte diese Kommission zusammen mit seinem Freund und Kollegen David de Haen aus. 1620 nach Utrecht zurückgekehrt, teilte Baburen sein Studio mit Hendrick Ter Brugghen. Die Künstler von Utrecht nahmen das Helldunkel von Caravaggio und seinen Realismus an. Wie Caravaggio, der oft gewöhnliche Handarbeiter malte, wählten sie Modelle mit verwitterten Gesichtern und porträtierten sie oft größer als sie waren.